当地政府说基本农田不允许种植。我该怎么办

这个需要按照合同约定协商处理
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你好，可以起诉解决的
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向其索赔，可以按照实际损失，向造成伤害的栽树方提出索赔要求。如果你能提供土地权证，确认其对该片土地有使用权，可以要求对方依法对其土地进行平整，恢复耕种并赔偿损失，如果无法确认，那么至少可以让其对你农田上损坏的农作物作出赔偿。可以先找村里，必要的时候，民事诉讼也是一个办法。